سال انتشار: ۱۳۸۴

محل انتشار: چهارمین همایش ملی بیوتکنولوژی ایران

تعداد صفحات: ۴

نویسنده(ها):

حسین عسکری – پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی
محمد علی کافی – دانشگاه فردوسی مشهد
قاسم حسینی سالکده – پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی

چکیده:

هم تکاملی فرایندی تکاملی است که در طی آن تغییری قابل توارث در یک تهاد منجر به ایجاد یک فشار انتخابگر برای تغییر در نهادهای دیگر می شود. هم تکاملی بیان در مقایسه با هم تکاملی توالی اسیدهای آمینه می تواند به عنوان یک پیشگوی قوی از بر همکنش های فیزیکی باشد (Fraser et al.,2004). به منظور به دست آوردن سرب هایی از ژنهای هم تکامل روش های متعدد آنالیز کلاستر ایجاد شده است که بر پایه آن می توان ژنهای هم بیان را از داده های ریز آرایه جدا کرد اما تا کنون مطالعات اندکی بر روی داده های پروتئوم اجرا شده است. در مطالعه حاضر، روش های آنالیز کلاستر شامل Adaptive و Fuzzy Adaptive Resonance Theory (FuzzyART) ، Self Organizing Map (SOM) ،Hierarchical clustering quality-based clustering که بر روی داده های ریز آرایه به کار برده شده اند برای کلاستر پروتئین های هم بیان پاسخگو به تیمارهای شوری از گیاه Suaeda مورد استفاده قرار گرفت. نتایج این پژوهش نشان داد که FuzzyART بالاترین توانایی را در مقایسه با SOM و Hierarchical برای کلاستر ۱۰۲ پروتئین پاسخگو به شوری در ۱۲ گروه داشت. روش Adaptive quality-based clustering دو گروه مشخص با ۴۱ و ۱۱ عضو را ایجاد کرد. بر پایه این روش، اعضای هر کلاستر با سطح اطمینان ۹۵% تحت شرایط این آزمایش هم بیان هستند. نتایج ما نشان داد که کاربرد دو روش آنالیز کلاستر Adaptive quality-based clustering و FussyART که دارای کارکردی متفاوت و مکمل هستند می تواند منجربه کلاستر شدن پروتئین های هم بیان در گروه های مشابه گردد.