مقاله كاربرد خوشه بندي فازي در تحليل پروتئين هاي مرتبط با سرطان هاي مري، معده و كلون بر اساس تشابهات تفسير هستي شناسي ژني که چکیده‌ی آن در زیر آورده شده است، در پاييز ۱۳۸۹ در كومش از صفحه ۱۴ تا ۲۱ منتشر شده است.
نام: كاربرد خوشه بندي فازي در تحليل پروتئين هاي مرتبط با سرطان هاي مري، معده و كلون بر اساس تشابهات تفسير هستي شناسي ژني
این مقاله دارای ۸ صفحه می‌باشد، که برای تهیه‌ی آن می‌توانید بر روی گزینه‌ی خرید مقاله کلیک کنید.
کلمات مرتبط / کلیدی:
مقاله بيوانفورماتيک
مقاله تفسير هستي شناسي ژني
مقاله خوشه بندي فازي
مقاله سرطان دستگاه گوارش

نویسنده(ها):
جناب آقای / سرکار خانم: زرنگارنيا يلدا
جناب آقای / سرکار خانم: علوي مجد حميد
جناب آقای / سرکار خانم: رضايي طاويراني مصطفي
جناب آقای / سرکار خانم: خير نصيبه
جناب آقای / سرکار خانم: خادم معبودي علي اكبر

چکیده و خلاصه‌ای از مقاله:
سابقه و هدف: به دليل ايجاد حجم عظيمي از داده هاي پروتئوميكي و نياز به روش هاي جديد تحليل نتايج آزمايشگاهي، تحليل جمعي پروتئين ها مي تواند علاوه بر صرف زمان كم تر ما را در شناسايي الگوهاي جديد در مجموعه داده ها ياري كند. تحليل خوشه اي به عنوان يك روش آماري مطلوب، ابزاري است كه مي تواند در تحليل اين گونه داده ها مورد استفاده قرار گيرد. هدف از اين پژوهش ارزيابي كارايي روش خوشه بندي فازي در شناسايي الگوهاي جديد در مجموعه پروتئين هاي مرتبط با سرطان هاي دستگاه گوارش بوده است.
مواد و روش ها: در اين پژوهش پروتئين هاي شناسايي شده مرتبط با سرطان هاي مري، معده و كلون مورد تحليل خوشه بندي فازي قرار گرفته اند. بر اساس هر يك از ابعاد هستي شناسي ژني (Gene Ontology) شامل فرآيند بيولوژيكي، جايگاه سلولي و كاركرد مولكولي، به طور جداگانه روش خوشه بندي فازي اجرا گرديد و نتايج حاصله با هم مقايسه شدند.
يافته ها: پس از خوشه بندي فازي پروتئين ها، مقدار شاخص غيرفازي بر اساس فرآيند بيولوژيكي، جايگاه سلولي و كاركرد ملكولي به ترتيب ۴۱/۰، ۵۵/۰ و ۳۵/۰ به دست آمد كه مخصوصا در مورد خوشه بندي بر اساس كاركرد ملكولي نشان دهنده مناسبت روش خوشه بندي فازي بوده است. با وجود چشم گير نبودن عرض سايه نماي كل خوشه بندي هاي حاصل، اكثر پروتئين ها در هر خوشه داراي اشتراكات بيولوژيكي قابل توجه شدند. با بكارگيري نرم افزار Term Enrichment و تعيين عبارت هاي غني شده آماري در مجموعه كل داده ها و در خوشه ها مشخص شد كه روش خوشه بندي فازي به خوبي توانسته است الگوهاي تفسير جديدي را در مجموعه داده ها آشكار سازد.
نتيجه گيري: با بررسي نتايج حاصل از خوشه بندي فازي مشخص شد كه اين روش مي تواند در جهت تحليل بهتر و انعطاف پذيرتر پروتئين ها مورد استفاده قرار گيرد. روش خوشه بندي فازي، پروتئين هايي را كه داراي تشابهات بيش تري بوده اند با احتمال بيش تري در كنار هم قرار داده است، لذا مي توان از اين روش در حالت هايي كه مشخصه هاي برخي از پروتئين ها مجهول مي باشد، استفاده نمود. هم چنين مشخص شد پروتئين هايي كه بر اساس تشابهات مولفه سلولي در كنار هم قرار مي گيرند داراي تشابهات بيولوژيكي و عمل كردي نيز هستند كه اين مساله بايد مورد بررسي هاي بيش تر قرار گيرد.